（1）过量的表面活性物质和油脂类化合物
这类物质可以影响细胞质膜的稳定性和通透性，使细胞的某些必要成分流失而导致微生物生长停滞和死亡。当曝气池进水中含有大量这类物质时，会产生大量泡沫，这些气泡很容易附聚在菌胶团上，使活性污泥的比重降低而上浮。另外，当进水量含油脂类过高时，经过曝气与混合，油脂会附聚在菌胶团表面，使细胞缺氧死亡，导致比重降低而上浮。
（2）PH冲击
过高或过低的PH会影响活性污泥微生物胞外酶及存在于细胞质和细胞壁里酶的催化作用，以及微生物对营养物质的吸收。当连续流曝气反应池内PH﹤4.0或PH﹥11.0时，多数情况下活性污泥中微生物活性受到抑制，或失去活性，甚至死亡，以致发生污泥上浮。
（3）盐含量的影响
对进水PH的调整不能消除碱度对活性污泥的影响。对碱性进水调PH，虽然中和了碱性物质，但产生了盐。盐溶液浓度不同其渗透压也不同，渗透压是影响微生物生存的重要因素之一。如微生物所处的溶液渗透压发生突变，就会导致微生物细胞死亡。
（4）水温过热
组成活性污泥的微生物适合的温度范围是15—35℃，超过45℃时会使活性污泥中大部分微生物死亡而上浮（经过长期驯化的或特殊微生物除外）。另外，对SBR工艺测定温度对细胞内酶活性影响的试验中也发现，温度在20、30、40℃时酶活性较好，大于50℃之后，酶的活性明显下降。
（5）致毒性底物
对好氧活性污泥微生物有致毒作用的底物主要包括：含量过高的COD、有机物（酚及其衍生物，醇，醛和某些有机酸等）、硫化物、重金属、卤化物。
高底物浓度可与细胞酶活动中心形成稳定的化合物，导致基质不能接近，无法被降解，甚至使细胞中毒死亡。
重金属离子进入细胞后主要与酶或蛋白质上的-SH结合而使之失活或变性。微量的重金属离子还能在细胞内不断积累最终对微生物发生毒害作用（微动作用）。
卤化物最常见的是碘和氯，碘不可逆的与菌体蛋白质（或）酶的酪氨酸结合生成二碘酪氨酸，使菌体失活。氯与水合成次氯酸，其分解产生强氧化剂。而且废水中有机物的突变，使原被驯化好的并能降解有机毒物的微生物减少减少或消失。
     微生物菌种能有效改善因各种原因引起活性污泥上浮的问题。